El área de Fenómenos Ópticos y de Transporte en la Materia se creó en 1974 como área de Física Molecular, denominándose con su nombre actual en 1995. Desde la década de los 80 se inició la creación de laboratorios experimentales: Espectroscopía Magneto óptica (1983), óptica Cuántica (1985), Dosimetría Termoluminiscente (1995), Crecimiento de Materiales Amorfos y Cristalinos (1995), Fisicoquímica de Nanoestructuras (2010) y Fotoluminiscencia (2010). En 1990 se creó el Grupo Mesoscópico Teórico. Actualmente el área realiza investigación en diversas líneas:
1.- Interacción de la radiación con la materia mediante modelos teóricos (Dr. Eleuterio Castaño y Dr. Moisés Marténez), espectroscopía
óptica (Dra. Rebeca Sosa, Dr. Gerardo Muñoz y Dr. Ulises Caldiño) y termoluminiscencia (Dr. Juan Azorín).
2.- Fisicoquímica de sistemas nanoestructurados mediante espectroscopía Raman (Dr. Emmanuel Haro y Dr. Michel Picquart).
3.- Óptica lineal y no lineal de sistemas micro y nanoestructurados (Dr. José Luis Hernández)
4.- Transmisión y procesamiento de señales ultra rápidas (Dr. Manuel Fernández).